Et si l’on pouvait repérer une bactérie dangereuse avant même qu’elle ait rendu quelqu’un malade ? C’est l’ambition de PathogenFinder2, un outil d’intelligence artificielle mis au point par des chercheurs de l’Université technique du Danemark (DTU) avec des partenaires internationaux, et présenté dans la revue Bioinformatics.
Jusqu’ici, savoir si une bactérie pouvait provoquer une maladie demandait souvent des expériences de laboratoire complexes, ou une comparaison avec des bactéries déjà connues. Face à une espèce totalement nouvelle, ces méthodes atteignent vite leurs limites. PathogenFinder2 s’appuie plutôt sur des modèles qui « lisent » les protéines, un peu comme on apprend une langue, pour y reconnaître des motifs associés à un pouvoir pathogène. Il a été entraîné sur plus de 21 000 génomes bactériens.
Selon les chercheurs, l’outil pourrait analyser des bactéries présentes dans les eaux usées, chez des personnes en bonne santé ou chez les animaux. Cela pourrait aider à préparer plus tôt des tests, des vaccins ou des traitements. Ils le précisent toutefois : une prédiction de l’IA n’est pas un diagnostic. Il s’agit d’un outil de veille.
Prévoir, c’est aussi une manière de prendre soin. Ce genre de recherche ne promet pas un monde sans maladie, mais il nous donne peut-être un peu plus de temps pour protéger les plus fragiles.